كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا المصرية في واقعة اتهام عادل حبارة، وآخرين بقتل 25 مجند أمن مركزي في أحداث رفح الثانية، عن رصد اتصال من عادل حبارة بأمير "القاعدة" في بلاد العراق والشام، والذي يدعى أبو بكر البغداد، واتفق معه على رصد تحركات ومواقع القوات في سيناء لتنفيذ عمليات مسلحة ضدهم، وإمداد البغدادى بمعلومات عنهم على أن يقوم البغدادي بإرسال مبلغ 10 آلاف دولار لارتكاب العمليات ضد الجيش والشرطة، فيما أوضحت التحقيقات التي حصل "العرب اليوم" على نسخة منها، أن المتهم عادل حبارة أنشأ خلية عنقودية تابعة للتنظيم في سيناء، وأطلق عليها "جماعة المهاجرين والأنصار"، وقامت هذه الجماعة بتلقي تدريبات عسكرية، واعتمدت الجماعة في تمويلها على دعم مالي من إحدى الجمعيات الخيرية تحمل اسم "مفاتيح الخير" ويتخذها ستاراً لتمويل الجماعة من أموال التبرعات.
وأشارت تحقيقات نيابة أمن الدولة من خلال تفريغ مكالمات هاتفية مسجلة للمتهم عادل حبارة، تواجد  مكالمات هاتفية مسجلة مع أحد تجار السلاح، وطالبه فيها بإمداده بالأسلحة اللازمة لاستخدامها في العمليات المسلحة.
وكشفت التحقيقات عن تواجد مكالمات هاتفية مشفرة دارت بين المتهمين في واقعة مقتل 25 مجند أمن مركزي، والمعروفة إعلاميًا بـ"مجزرة رفح الثانية"، وقامت الأجهزة الأمنية بتسجيلها بإذن من النيابة العامة، ولم تتمكن الأجهزة الأمنية من كشف الشفرة والمكالمات التي دارت بين المتهمين قبل ارتكاب وتنفيذ المجزرة، وأن إحدى تلك المكالمات التي دارت بين المتهمين عقب تنفيذ العملية بدقائق هي التي كشفت منفذي العملية، وقادت الأجهزة الأمنية إلى تحديد المنفذين والمخططين لها، وأن المكالمات التي تمت بين المتهمين والتي تبين فيما بعد أنها كانت عبارة عن تحديد أماكن لاجتماعات أعضاء التنظيم الإجرامي المنفذ للعملية التي راح ضحيتها 25 مجند أمن مركزي، والتي تمت للتخطيط لتنفيذ تلك العملية وموعد التنفيذ.
وأوضحت إحدى تلك المكالمات التي تمت بين أعضاء التنظيم عقب تنفيذ العملية والتي تم تسجيلها، كانت مكالمة هاتفية مشفرة تلقاها عادل حبارة المتهم الرئيسي من أحد منفذي تلك العملية لتهنئة بتنفيذ، ونجاح العملية الإجرامية وقتل 25 مجندًا، وقال له "مبروك علينا 25 شمعة"، مشيرًا إلى أن تلك المكالمة وتحديد رقم 25 شمعة كشفت المكالمات المشفرة التي تمت بين المتهمين قبل تنفيذ العملية.
وكانت نيابة أمن الدولة العليا واجهت المتهم الرئيسي في قضية مذبحة رفح الثاني عادل حبارة بجزء من التسجيلات الصوتية، وأقر بأن تلك التسجيلات والصوت الوارد بها خاص بها، وأنه هو من يتحدث في تلك التسجيلات.